Xilinx EDK ERROR:NgdBuild:604

こちらを参照してください。

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またプロジェクトの ncd ファイルが正しく更新できていない場合にも発生するようです。このファイルを削除してインプリメンテーションを実行してみてください。デフォルトの設定では ISE の Project – Cleanup project Files では ncd ファイルはクリーンアップされません。